肠子通常是指肠道，睡觉起来肠道隐隐作痛可能是由于着凉导致的，通过热敷即可缓解症状。也可能是由于泌尿系统结石、肠炎等原因引起的，可在医生的指导下使用药物进行治疗。
1、着凉。如果在睡觉时没有盖好被子，导致腹部着凉，肠道在冷空气的作用下，会产生局部功能性紊乱导致肠痉挛，引起睡觉起来肠道隐隐作痛的现象。可以使用热毛巾热敷腹部，减缓肠痉挛的症状，肠道隐隐作痛的现象即可得到缓解。
2、泌尿系统结石。在睡觉时由于机体处于相对静止状态，会对结石的排出造成障碍，导致结石残留在输尿管、肾、膀胱等位置，会出现肠道隐隐作痛的现象。可以在医生的指导下使用排石颗粒、尿石通丸等药物，以促进结石的排出。
3、肠炎。如果患者食用了不卫生、变质、腐败等食物，可能会导致肠壁黏膜发生炎症病变，出现阵发性腹绞痛、腹泻、便血、恶心等症状。可以在医生的指导下使用庆大霉素碳酸铋胶囊、诺氟沙星胶囊等药物进行治疗。