吃了益生菌后腹痛腹泻，可能是消亡反应或饮食不洁等因素引起的现象，建议要根据身体情况进行调理，从而改善症状。
1、消亡反应：吃了益生菌后腹痛腹泻，可能是消亡反应的正常生理现象，这是由于患者体内有益群较少、有害菌群较多，在吃了益生菌后，可以给体外补充了大量的有益菌，有可能会让机体发生不良反应，可能会出现腹泻的情况，这种情况在医学上被称为消亡反应，但这种现象不会持续太久，一般在1~2天就会消失。
2、饮食不洁：部分患者在服用益生菌期间，如果不注意饮食卫生，吃了不干净的食物后，可能会影响到胃肠功能，从而出现腹痛、腹泻的症状。建议在服用益生菌期间禁止摄入辛辣有刺激性的食物，多喝温水，做好腹部保暖工作，可有效促进肠胃蠕动，能更好地调理胃肠道。