五十天婴儿啼哭不止睡觉扭动身体可能是由于婴儿神经系统还没有完全发育引起的，一般神经系统发育完善后，症状会逐渐好转，也有可能是婴儿缺乏维生素D或者肠胃消化功能异常等原因导致的，可在医生指导下使用药物进行改善。
1、神经系统发育：五十天的婴儿神经系统还没有发育完善，大脑皮层可能会出现突然兴奋的状态，从而导致睡觉时出现啼哭和不停扭动身体的情况，属于正常现象，随着婴儿月龄增长，神经系统发育完善后，症状会逐渐消失。
2、缺乏维生素D：五十天的婴儿如果长时间缺乏维生素D，可能会出现低血钙或者是低血磷的情况，从而表现为睡眠不安、容易哭闹等情况，需要在医生指导下及时补充维生素D，常见药物有维生素AD滴剂，维生素D滴剂等，加快自身钙吸收。
3、肠胃消化异常：如果在睡觉前吃过多，可能会导致胃肠消化功能出现紊乱，引起身体不适，从而出现婴儿啼哭不止睡觉扭动身体的现象，可以在医生的指导下，服用促进消化类的药物进行治疗，比如枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌三联活菌散等药物。