三个月宝宝天一黑就哭的厉害可能是由于生理现象、消化不良或维生素D缺乏性佝偻病等现象所致，需要根据具体情况选择一般治疗或口服药物等方式改善。
1、生理现象。宝宝天一黑就哭闹，可能是和身体饥饿有关，但也有可能和大小便后哭闹、保温过度、衣物不适等因素有关，在及时调整以上几种因素后，宝宝天一黑就哭的症状会得到改善。
2、消化不良。宝宝的肠胃较为虚弱，如果喂养不当或者是由于腹部着凉，会引起腹胀、腹痛等现象，可能会表现出天一黑就哭闹，建议遵循医嘱口服益生菌调理，如地衣芽孢杆菌活菌颗粒、酪酸梭菌二联活菌散。
3、维生素D缺乏性佝偻病。另外宝宝身体如果出现维生素D缺乏性佝偻病，不仅会引起天一黑就哭的现象，而且还会伴随睡觉不踏实、易激怒等症状，需要在医生的指导下口服药物调理，如乳酸钙颗粒、三维鱼肝油乳等。