两岁宝宝早上五六点就开始翻来覆去可能是由于缺乏维生素D和钙、胃肠功能紊乱等原因导致的，建议根据不同的症状，进行口服药物治疗。
1、缺乏维生素D和钙。两岁宝宝早上五六点就开始翻来覆去，可能和缺乏维生素D和钙有关。维生素D和钙的缺乏会使大脑皮层的神经兴奋性增强，进而使宝宝出现睡觉不安稳、多汗、睡觉翻来翻去等症状，可根据医生的指导，通过口服钙剂和补充维生素D的药物来改善，常见的有维生素D3、葡萄糖酸钙片等。
2、胃肠功能紊乱。两岁宝宝早上五六点就开始翻来覆去，还可能和胃肠功能紊乱有关。引起胃肠功能紊乱的原因较为复杂，具体病因尚不明确，经常表现出腹痛、腹泻、餐后饱胀等症状，可能还会伴有失眠、头痛等不良现象，会给宝宝带来不适感，使宝宝翻来覆去，建议通过医生的指导，口服西尼必利片、莫沙必利片等药物治疗。