儿童惊吓发烧39℃反复发烧，可能是由于惊吓引起神经功能紊乱或影响自身免疫功能，而导致的身体异常反应，可以遵医嘱使用小儿柴桂退热颗粒、连花清瘟颗粒等药物进行退烧处理，还需要积极治疗发烧引起的异常反应。
1、神经功能紊乱。由于儿童的神经系统还没有发育完善，当受到剧烈刺激以及惊吓时，会导致儿童神经功能紊乱，出现发烧的情况。家长要保证儿童营养的均衡性，在此期间让儿童多注意休息，不要使其劳累、紧张。
2、自身免疫功能。儿童在受到惊吓时，会导致肾上腺负担增加，不利于肾脏正常工作，也会使免疫功能受到明显的影响，从而引起身体异常反应，出现受惊吓后发烧39℃反复发烧的现象。可以在医生的指导下使用匹多莫罗颗粒、脾氨肽冻干粉等提高自身免疫力的药物，以改善免疫力降低的现象。