三个月宝宝晚上扭来扭去蹬腿，可能是由于生理性因素或者缺钙等原因导致的，可以通过调节室内温度和药物治疗的方法进行改善。
1、生理性因素：三个月宝宝晚上扭来扭去蹬腿，可能是由于室内环境温度过高或者宝宝穿的衣物过多，导致宝宝比较热不舒服，出现宝宝晚上扭来扭去蹬腿的现象。建议家长及时调节室内温度，使宝宝在温度适宜的环境中睡觉。
2、缺钙：三个月宝宝晚上扭来扭去蹬腿，可能是由于缺钙导致的，由于宝宝正处于生长发育时期，对钙的需求量比较大，如果没有及时补充钙，会导致宝宝出现缺钙的症状，比如多汗、哭闹、枕秃、方颅、易惊醒等，可以在医生的指导下给宝宝补充钙，比如葡萄糖酸钙口服溶液、小儿碳酸钙D3颗粒等。平时可以带宝宝到户外晒太阳，能够促进钙的吸收。