三个月的宝宝晚上睡觉总是使劲可能是由于生理性因素或者缺钙等原因导致的，可以到医院进行相关的检查，确定病因后，在医生的指导下通过调节温度和药物治疗的方法进行改善。治疗期间多喝一些温开水，能够促进身体的血液循环。
1、生理性原因：三个月的宝宝晚上睡觉总是使劲可能是由于室内温度过高导致的，如果宝宝所在的室内温度过高或者穿的衣物过厚都会导致宝宝出现睡觉总是使劲地现象，建议家长及时调整室内温度，适当增减衣物，使宝宝处于舒适的环境中。
2、缺钙：由于宝宝正处于生长发育时期，如果缺钙会导致脑部神经的兴奋度增加，导致宝宝出现晚上睡觉总是使劲地现象，缺钙的症状通常表现为多汗、鸡胸、哭闹、易惊醒等，可以在医生的指导下补充钙，比如小儿碳酸钙D3颗粒、葡萄糖酸钙口服溶液等。在平时可以带宝宝到户外晒太阳，有利于维生素D的合成，促进钙的吸收。