小孩只有头部发烧39℃，可能是由于室内温度过高或者风寒性感冒等原因引起的，室温过高可及时调节温度，如果是疾病引起的，建议在医生指导下通过药物治疗。
1、室内温度过高：如果小孩所在的室内温度过高或者是穿的衣物过厚，温度聚集到头部，会出现小孩只有头部发烧，身体不发烧的现象，建议家长及时调整室内温度，避免温度过高导致小孩出现不舒服的症状。
2、风寒性感冒：风寒感冒是由于风吹受凉引起的感冒，导致血液循环不流畅，头部的血液比较多，出现头部发烧的现象，通常症状表现为鼻塞、鼻涕、头晕、咳嗽、发烧等，可以在医生的指导下口服感冒的药物进行治疗，比如小儿氨酚黄那敏颗粒、正柴胡饮颗粒等，也可以搭配使用退烧的药物，比如布洛芬颗粒、复方锌布颗粒等，能够缓解小孩发烧的症状。