孩子反复发烧两个星期可能是由于上呼吸道感染或者胃肠道功能紊乱等原因造成的，可以通过药物治疗的方法进行改善。
1、上呼吸道感染：上呼吸道感染通常是由于受到病毒、支原体感染、细菌以及免疫力低下等原因引起的，一般表现为鼻塞、咽痛，症状严重会引起高热等症状，可以在医生的指导下服用双黄连口服液、感冒灵颗粒等，如果出现发烧可以在医生的指导下口服退烧的药物，比如布洛芬颗粒、复方锌布颗粒等。
2、胃肠道功能紊乱：孩子反复发烧两个星期，可能是由于胃肠道功能紊乱引起的，一般是由于精神紧张、饮食不规律、消化不良等原因导致的，症状通常表现为发热、头疼、腹泻、疼痛感等，可以在医生的指导下服用乳酸菌素片、双歧杆菌三联活菌片等药物进行治疗。