3岁宝宝发烧39℃，为了避免高烧引起严重后果，首先需要进行药物退热，可在医生的指导下服用布洛芬颗粒或对乙酰氨基酚片等进行治疗。引起3岁宝宝发烧39℃的疾病通常是上呼吸道感染或病毒性肺炎等疾病所致，建议要及时去医院进行检查，明确病因，根据医生指导使用药物治疗。
1、上呼吸道感染：3岁宝宝发烧39℃，可能是上呼吸道感染引起的，这种疾病通常是由细菌、真菌、病原体感染所致，可能还会引起咳嗽、鼻塞、痰多、呼吸困难等症状。可在医生的指导下服用药物进行治疗，如布洛芬颗粒、磷酸奥司他韦颗粒、利巴韦林颗粒等。
2、病毒性肺炎：病毒性肺炎一般由病毒感染到呼吸道及肺部引起的炎症，宝宝会出现不同程度感染、缺氧的症状，通常会出现反复发烧、咳嗽、呼吸加快等症状，可在医生的指导下使用药物进行治疗，如利巴韦林颗粒、复方甲氧那明胶囊、黄连上清液片等。