菠萝蜜籽一般可以吃，菠萝蜜籽含有较多的碳水化合物、蛋白质、粗纤维、矿物质及维生素C等营养元素，适量食用菠萝蜜籽可以为机体补充所需的营养物质并提供能量。菠萝蜜籽一般可以选择煮、炒、煲汤等各种吃法，菠萝蜜籽直接食用一般不会对人体造成较大的损害，但菠萝蜜籽中含有不易消化的物质，长期食用容易导致消化不良。因此，菠萝蜜籽一般可以食用。但不建议生吃，如果长期食用菠萝蜜籽容易增加胃肠道负担，导致消化不良。
由于菠萝蜜籽中含有较多的粗纤维，过量食用容易增加胃肠道负担，使其肠道蠕动减慢，进而引起腹痛、腹泻等肠胃不适症状。任何食物均有两面性，菠萝蜜籽一般可以吃，菠萝蜜籽与菠萝蜜的果肉一样，含有一些容易过敏的成分，尤其是过敏体质的人群，应尽量减少食用。