厌氧菌通常所指的是厌氧菌感染，用药不存在彻底杀死的效果，但是厌氧菌感染可以使用抗生素治疗。因为个体差异比较大，所以用药不存在绝对的最好最快以及最有效，患者可以在医生的指导下结合个人的情况选择适合的药物治疗。
厌氧菌能够引起身体不同部位的感染，比如口腔感染、阑尾炎、胆囊炎、鼻窦炎、腹膜炎、子宫内膜炎、菌血症等。感染了厌氧菌之后首先需要进行抗菌治疗，通常选择的药物有甲硝唑、克林霉素、林可霉素、氯霉素、万古霉素等，对于厌氧菌感染情况比较严重的患者，如果达到了手术指征，可以通过手术的方式将厌氧菌感染的病灶切除。
厌氧菌感染的患者预后一般都比较良好，只要经过积极的治疗，一般都可以被治愈。在恢复期间一定要注意个人的卫生，可以适当的进行锻炼。