做了胃镜第二天喉咙不舒服可能是胃镜刺激的原因导致的，也有可能是因为其他疾病的原因导致的，需要到医院明确病因后进行相应的治疗。
1.胃镜刺激：胃镜通常分为无痛胃镜和普通胃镜，无论做任何胃镜都会通过喉咙的部位，喉咙部位比较娇嫩，通过摩擦或者刺激，可能会出现第二天喉咙不舒服的症状，是属于正常现象的，如果局部出现了水肿以及粘膜破损等症状，建议在医生的指导下，服用抗生素的药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、阿奇霉素胶囊、头孢克肟片等，能够达到治疗的效果。
2.其他疾病：可能是由于本身患有慢性咽喉炎的原因引起的，做了胃镜会对喉咙的部位造成损伤，可能会加重喉咙部位的炎症，导致第二天喉咙不舒服，一般不需要过于担心，多喝热水能够加快身体的新陈代谢。