两岁宝宝反复高烧39℃以上三天了可能是由于上呼吸道感染引起的，也可能是由于肺炎等因素导致的。家长需在医生指导下服用相对应的药物，控制病情，避免宝宝出现反复高烧。常见的药物有布洛芬颗粒或者对乙酰氨基酚颗粒等，同时物理降温辅助，避免引起宝宝高热。
1、上呼吸道感染。小儿上呼吸道感染一般是由于病毒入侵上呼吸道，导致上呼吸道黏膜受到损伤，引起局部发炎。也会导致宝宝反复发烧三天、并且还可能伴有流鼻涕或者浑身乏力等症状。需在医生指导下服用小儿豉翘清热颗粒或者蒲地蓝消炎口服液等药物进行治疗。
2、肺炎。两岁宝宝由于呼吸系统发育还不完善并且自身抵抗力可能较弱，导致病毒或者细菌入侵肺部，造成肺炎。会出现宝宝反复高烧、咳嗽或者呼吸困难等症状。家长需在医生指导下服用药物治疗，比如阿奇霉素颗粒或者布洛芬混悬液等。