婴儿两只耳朵体温测量不一样可能是由于环境因素、血液循环导致，一般情况下可通过调整环境温度后再进行体温测量，也可以采取两次测温的数值平均值作为依据。
1、环境因素。婴儿两只耳朵体温测量不一样，可能是由于环境因素导致，通常和婴儿耳朵一侧是压着，一侧处于外界环境有关，压着的耳朵相对温度较高，属于正常的现象，可通过让婴儿的两侧耳朵都保持在外界环境中进行测温，相对温度是一样的。
2、血液循环。婴儿两只耳朵体温测量不一样，可能是由于血液循环导致，不同的部位，血液循环也不一样，所以两只耳朵体温有略微差异也属于是正常的现象，如果两只耳朵温度差异较大，应当重新测量或者更换测温仪测量，具体的数值应当根据两只耳朵温度的平均值来决定。