三个月宝宝睡觉呼吸有时会暂停几秒一般是正常的生理现象，也可能是由于哮喘引起的，可在医生的指导下使用药物进行治疗。
1、正常的生理现象。三个月的宝宝由于年龄较小，呼吸中枢和呼吸器官发育并不成熟，所以会出现呼吸暂停的症状，是一种正常的生理现象。家长应多关注宝宝，如果宝宝出现呼吸暂停的现象，家长要及时刺激一下，给宝宝拍背或刺激足底，使其正常呼吸，否则长时间呼吸暂停会对宝宝的生长发育造成影响。
2、哮喘。哮喘是气道的一种慢性炎症反应，大部分受遗传因素和环境因素影响，通常会有呼吸急促、咳嗽、呼吸困难等症状，会使宝宝出现睡觉时呼吸暂停的现象。必要时可以在医生的指导下使用硫酸沙丁胺醇吸入气雾剂、硫酸特布他林气雾剂等的药物进行治疗。