真菌孢子是指真菌主要的繁殖器官，粪便少量真菌孢子可能是由于抵抗力低下造成的，也不排除是肠炎等原因，建议到医院进行相关的检查，确定病因后可以在医生的指导下进行科学性治疗。治疗期间，注意调整饮食，以免刺激胃肠道。
1.抵抗力低下：可能是饮食结构不合理、内分泌失调等原因，在饮食卫生差的情况下，食物可能会携带病菌进入体内，从而出现粪便少量真菌孢子的情况。可以在医生的指导下服用伏立康唑片、伊曲康唑胶囊等药物，具体用药应谨遵医嘱。
2.真菌性肠炎：真菌性肠炎可能是由于真菌感染、细菌感染等原因导致患者肠道菌群失调，因此出现粪便少量真菌孢子的情况。可以在医生的指导下服用双歧杆菌乳杆菌三联活菌片、乳酸菌素片等药物，有利于缓解患者出现的不适症状，对药物有过敏反应者禁止用药。