三岁孩子晚上起来哭，可能是由于做梦或缺钙、肠胃不适等原因引起的，如果是由于缺钙或肠胃不适引起的，可在医生的指导下使用药物进行治疗。
1、做梦。如果孩子白天受到惊吓，可能会导致晚上做梦，如果梦境比较悲伤或者恐怖，可能出现晚上起来哭的现象。家长要及时安抚孩子，可以给孩子做抚触或放一些舒缓的音乐，使其继续入睡。
2、缺钙。缺钙会导致人体神经肌肉兴奋性增加，出现手足抽搐、肌肉痉挛、多汗、枕秃等症状，造成孩子晚上起来哭的现象。可以在医生的指导下使用葡萄糖酸钙口服溶液、枸橼酸钙咀嚼片等补充钙剂的药物进行治疗。
3、肠胃不适。如果进食了生冷、寒凉、不卫生的食物，可能会造成肠胃不适，出现腹胀、腹痛、腹泻的症状。可以用温毛巾给孩子热敷腹部，也可以按照顺时针方向轻轻按摩腹部，以缓解宝肠胃不适症状，改善孩子晚上起来哭的现象。