三个多月的宝宝退烧3天又低烧可能是由于体内感染还没有完全控制引起的症状，宝宝出现反复发烧考虑是由于上呼吸道感染或肺炎等现象引起的症状，需要根据具体情况选择适合的药物治疗。
1.上呼吸道感染。宝宝退热三天又低烧，常见的可能是由于上呼吸道感染引起的现象，上呼吸道部位在受到细菌或病毒感染时，会引起有身体上出现反复低烧，而且伴随有鼻塞、鼻涕、咳嗽、咳痰、吞咽疼痛、声音嘶哑等症状，需要及时到医院检查并遵循医嘱选择阿奇霉素分散片、对乙酰氨基酚片等药物治疗，能让上呼吸道感染现象逐渐消失，改善身体上出现的反复发烧。
2.肺炎。多数是由于病原微生物感染引起的症状，会让宝宝出现反复发烧，而且伴随有咳嗽、呼吸急促等症状，需要及时在医生的指导下口服氯唑西林钠、头孢氨苄胶囊等药物治疗。