婴儿注射乙肝疫苗自费与免费的是没有区别的，免疫效果都是一样的。乙肝疫苗是国家计划免疫内的疫苗，一般情况下，只有处于0月龄、1月龄或者是6月龄的新生儿，注射乙肝疫苗是免费的，其他的人群注射乙肝疫苗需要自费。
如果婴儿出现发热、患有新生儿黄疸及其他不明原因黄疸等现象时，不建议接种乙肝疫苗。同时婴儿接种乙肝疫苗时需要把握好注射的剂量，如果没有把握好接种乙肝疫苗的剂量，那么会对孩子造成严重的损害。接种乙肝疫苗后的孩子需要留在现场观察30分钟，避免可能出现的各种不良反应如接种部位红肿或低烧等，不能够立刻给孩子洗澡，也不能让婴儿抓挠注射部位，洗澡和抓挠容易引起接种部位红肿，甚至破溃导致局部感染。