孩子39摄氏度高烧伴腹痛，可能是由于胃肠型感冒或阑尾炎等因素引起的，建议要及时去医院进行检查，明确病因后，可在医生的指导下根据病情做对症治疗。
1、胃肠型感冒：胃肠型感冒是感冒的一种，一般是由病毒感染引起的疾病，通常会出现发热、头疼、呕吐、胃胀、腹痛、腹泻等不适症状，可在医生的指导下服用药物进行治疗，如布洛芬颗粒、双歧杆菌三联活菌片、枯草杆菌二联活菌颗粒等，可有效改善由胃肠型感冒引起孩子39摄氏度高烧并伴有腹痛的症状。
2、阑尾炎：阑尾炎一般是指人体下腹阑尾出现感染，主要是由于内部细菌感染，从而引起阑尾的炎症，通常会伴有恶心、发热、腹泻、厌食、腹泻等症状，要及时去医院进行诊治，在医生的指导下服用阿莫西林片、对乙酰氨基酚颗粒、头孢羟氨苄片等药物进行治疗。如果病情比较严重，需要尽早完成切除阑尾手术。