三个月婴儿晚上睡觉哼哼唧唧可能是由于消化不良、缺乏维生素D和钙引起的，建议根据不同的病因选择合适的治疗方式。
1.消化不良。三个月婴儿晚上睡觉哼哼唧唧，可能和消化不良有关。给婴儿喂食过多、饮食不规律或者乳糖不耐受，再加上婴儿的肠胃功能较虚弱，会造成腹部不适、消化不良、积食等症状，甚至还伴有腹痛，建议在医生的指导下，通过口服药物治疗，常见的有胰酶肠溶胶囊、莫沙必利片、健胃消食片等，还可以给婴儿按摩腹部来缓解腹部的不舒服感。
2.缺乏维生素D和钙。三个月婴儿晚上睡觉哼哼唧唧，还可能和缺乏维生素D和钙有关。缺乏维生素D和钙会使神经的兴奋性增强，使婴儿出现夜惊、多汗、睡觉不安稳等症状，同时伴有哼哼唧唧的现象，可以在医生的建议下，通过口服钙剂和补充维生素D的药物来治疗，常见的有葡萄糖酸钙片、维生素D3、碳酸钙片等。