孩子睡觉肩膀不自主地抖动可能是由于心理因素、小儿抽动症或者缺乏维生素D等原因导致的，可以带孩子到医院进行相关的检查，根据孩子的具体情况在医生的指导下进行治疗。平时可以带孩子到户外进行适当运动锻炼身体，比如打球、跑步等，能够增强体质。
1、心理因素：由于孩子的心理承受能力比较低，在犯错时如果受到老师或者家长的批评，孩子的内心会受到打击，情绪过于激动，出现孩子睡觉肩膀不自主抖动的情况，建议不要给孩子造成太大的压力，家长应言传身教，遇到事情要乐观的面对，给孩子一个良好的成长环境。
2、小儿抽动症：孩子睡觉肩膀不由自主地抽动可能是由于小儿抽动症引起的，小儿抽动症的主要表现通常指的是突然多发性抽动和秽语，还有的会造成社交、学习方面的障碍，严重的情况会失去生活自理能力，可以在医生的指导下口服舒必利片、利培酮片或者盐酸硫必利片等。
3、缺乏维生素D：由于孩子处于生长发育时期，需要补充维生素D，如果维生素D不足，可能会影响神经的发育出现神经兴奋性过高，引起抖动的情况，可以在医生的指导下补充维生素AD滴剂、维生素D胶囊等。