凌晨五点突然胃疼伴随着咕咕咕叫可能是由于不规律饮食引起，也不排除是消化不良等原因，应在医生的指导下进行治疗。
1.不规律饮食：不规律饮食通常是指饮食时间不规律、暴饮暴食等，会导致肠胃功能紊乱，胃酸分泌过多，使胃蠕动增强，出现胃痛、肠鸣音亢进等症状，因此造成凌晨五点突然胃疼伴随着咕咕咕叫的情况。应及时改变饮食习惯，保持规律的饮食时间，避免暴饮暴食以及进食辛辣刺激类食物。
2.消化不良：消化不良可能是由于幽门螺杆菌感染、反流性食管炎等原因，会导致胃的蠕动功能变差，使胃动力不足，出现腹胀、肠鸣声等症状，因此造成凌晨五点突然胃疼伴随着咕咕咕叫的情况。可以在医生的指导下服用多潘立酮片、盐酸伊托必利片等药物，此类药物具有促进肠胃动力的作用，具体用药应谨遵医嘱。