喝完藿香正气水后腹泻可能是由于生理因素导致的，也不排除是胃炎引起的。建议患者及时前往医院，在医生的指导下进行治疗。
1、生理因素：喝完藿香正气水后胃疼根据每个人的体质不同，可能是因为胃肠道对藿香正气水的成分不耐受，用药后因刺激肠胃肠粘膜而引起的胃疼，同时也考虑是免疫低下引起的，可能会出现服用完藿香正气水后胃疼的症状，患者应尽早就医，在医生的指导下进行治疗。
2、胃炎：喝完藿香正气水和腹泻可能是因为胃酸分泌过多、藿香正气水刺激肠胃黏膜造成肠胃黏膜受损等原因导致的，同时也考虑是细菌感染引起，这时一般就会出现服用完藿香正气水后胃疼的症状。建议在医生指导下使用埃索美拉唑肠溶胶囊，奥美拉唑肠溶胶囊等药物进行治疗，对此类药物过敏者禁用。