做完胃肠镜后肚子疼是一种正常的生理现象，大约会持续一个小时，如果疼痛剧烈并且持续时间较长，也不排除病理现象的原因。
1.生理现象：做胃肠镜时，医生通常会给胃肠之间打气，使消化道撑开便于后续的观察，并且内窥镜会损害消化道粘膜，因此患者在做完胃肠镜之后会出现腹胀、腹痛的症状，此时可以选择去厕所排气缓解，如果长期腹痛、腹胀，应及时就医，在医生的诊断下进行科学必要治疗。
2.病理现象：如果疼的特别剧烈，不排除做完胃肠镜后肚子痛是因为胃炎、胃溃疡等消化道疾病导致的，内窥镜摩擦黏膜，导致疼痛。可以使用布洛芬缓释胶囊、双氯芬酸钠缓释胶囊等止痛类药物进行治疗，用药应遵医嘱，不可盲目擅自用药，在医生的指导下进行科学有效的治疗。