做肠镜会交叉可能会感染乙肝、艾滋病等传染病。但是这种概率是非常低的，患者在正规医院进行肠镜检查，通常是不会感染病毒的。
肠镜是一种内窥镜检查，具有一定的风险性，内窥镜进入体内可能会损害肠黏膜，同时也不排除肠黏膜出血或者感染的等情况。如果在进行内窥镜消毒时，消毒不彻底，并且内窥镜损伤了胃肠道黏膜，可能会将上一位患者所携带的病毒通过破损的胃肠道黏膜带入体内，因此患者可能会感染等乙肝、艾滋病等传染病。
即使可能会出现交叉感染，但是若患者在正规医院进行检查，在上一位患者做完肠镜后，内窥镜通常会经过严格的消毒、搓洗、浸泡、漂洗、干燥等一系列消毒操作，此类操作可以杀灭99、99%的细菌，因此交叉感染的概率极低。做完肠镜后有任何不适现象，建议患者及时就医，在医生明确病因的情况下进行对因治疗。