喝完藿香正气水后腹泻可能是由于生理因素导致的，也有可能是肠炎引起的。腹泻情况严重，患者应尽早就医，在医生的指导下进行科学必要的治疗。
1、生理因素：喝完藿香正气水后腹泻根据每个人的体质差异，导致出现此症状的因素也各不相同。可能是因为胃肠道对藿香正气水的成分不耐受，用药后因刺激肠胃而引起的腹泻，同时也考虑是免疫低下引起的，此时通常就会出现服用完藿香正气水后腹泻的症状。患者可以尝试停止用药，观察是否有腹泻情况发生，出现不良反应，患者应尽早就医，在医生的指导下进行治疗。
2、肠炎：喝完藿香正气水后腹泻可能与饮食不当、藿香正气水刺激肠胃黏膜等因素有关，造成肠胃黏膜受损，因此患者可能出现腹泻的症状。建议在医生指导下使用蒙脱石散粉、肠炎宁片等药物进行治疗。