每天早上小肚子两边疼一般是由着凉导致的，也可能是十二指肠溃疡等消化系统疾病引起的，若是着凉导致的患者一般无需过度担心，如果是十二指肠溃疡引起的患者可在医生建议下进行对因治疗。
1.着凉：每天早上小肚子两边疼可能是着凉导致的，一般是由于患者免疫力低下或不注意保暖引起的着凉，长期着凉可能会引发每天早上小肚子两边疼的症状，也可能会出现头痛、发热、浑身乏力等症状。患者一般无需过度担心，建议患者在平时做好腹部的保暖，养成良好的饮食习惯，尽量食用清淡且容易消化的食物，避免吃生冷食物。
2.十二指肠溃疡：一般是由于患者长期暴饮暴食或酗酒引发胃酸分泌过多，导致胃排空速度加快以及十二指肠黏膜抵抗能力下降，从而引发十二指肠溃疡，故出现每天早上小肚子两边疼的情况，可能还会出现腹胀、呕吐等症状。临床上通常采取复方氢氧化铝片、碳酸氢钠片等药物治疗，应谨遵医嘱用药。