3个月宝宝吃母乳只吃5分钟可能是处于厌奶期，但也有可能是属于消化道异常等现象引起的症状，建议及时排除厌奶期后到医院做正规检查，并接受医生治疗。
1、厌奶期。厌奶期通常是宝宝的正常现象，期间可能表现出不爱吃奶，有时也会出现只吃5分钟，但此时宝宝身体上并没有其他不适现象，是属于正常的生理现象，厌奶期的时间是在一个月左右，症状会逐渐得到改善，但此时要多给宝宝补充充足的水分，避免出现缺水。
2、消化道异常。最近喂养不当或腹部受凉，会引起奶中的蛋白质不能被消化道所吸收，导致宝宝出现消化道异常现象，如腹胀以及不消化，而且伴随吃奶时间较短等现象。建议在医生的指导下口服益生菌调理改善症状，如地衣芽孢杆菌活菌颗粒、酪酸梭菌二联活菌散等。