半夜小孩突然发烧39℃可能可是由于身体受凉或者呼吸道感染等原因引起的，当小孩的身体突然发烧39℃时，首先要进行物理降温将身体的温度散下来，然后配合医生的指导服用退烧药物进行治疗，避免出现高热惊厥的现象。
1、身体受凉：如果是天气的温度较低，小孩保暖措施不到位，穿衣较少时身体会受凉，出现感冒发烧的病态，要注意给小孩添加衣物，及时保暖，同时可在医生的指导下服用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚或者布洛芬颗粒进行退烧治疗。
2、呼吸道感染：如果出现急性的上呼吸道感染，可能会出现半夜小孩突然发烧39℃的现象，39℃属于高烧要及时给宝宝给予物理降温，可以先用酒精擦拭小孩的手脚心和背部，将身体的温度散下来后，可以在医生的指导下服用阿奇霉素分散片、布洛芬混悬液或者对乙酰氨基酚等药物进行治疗。