儿童晚上发烧39℃睡着了可能是由于机体免疫力低下或者细菌感染引起的，儿童的身体在晚上出现发烧39℃时，要注意将儿童及时唤醒，及时到医院积极治疗，可以给予物理降温或者药物退烧等方法，通常可以使病症得到缓解。
1、机体免疫力低下：如果儿童的机体免疫力低下，容易受到外界微生物的入侵造成感冒发烧的病态，在发高烧时容易出现精神状态欠佳，导致发烧后睡着也是比较正常的事情，要注意及时给宝宝物理降温，可以使用温水反复擦拭儿童的身体帮助散热，通常可以帮助将身体的温度降下来。
2、细菌感染：出现高烧39℃很可能是流行性感冒引起的，并不是普通的感冒发热，流行性感冒一般是由于细菌感染导致的，首先要给予退烧治疗，可以在医生的指导下服用布洛芬颗粒、对乙酰氨基酚或者布洛芬混悬液等药物进行退烧治疗。