三个月宝宝早上起床不爱吃奶，可能是由于胃肠道疾病或者口腔疾病等原因导致的，可以通过口服药物的方法进行改善。
1、胃肠道疾病：三个月宝宝早上起床不爱吃奶可能是由于食物积滞导致的消化不良，通常伴有宝宝不好好吃饭、打嗝的现象，并且散发着浓烈的酸臭味，可以在医生的指导下服用枯草杆菌二联活菌颗粒或者复方胰酶散等药物进行改善。在平时日常生活中，建议家长不要喂养宝宝的次数过于频繁，也不要一次性喂得过多，避免宝宝出现消化不良的现象。
2、口腔疾病：三个月宝宝早上起床不爱吃奶，可能是口腔溃疡导致的，口腔溃疡通常伴有流口水的症状，由于口腔溃疡导致的疼痛，所以出现宝宝早上不爱吃奶的现象，可以在医生的指导下使用冰硼散或者桂林西瓜霜等药物进行改善。