2岁宝宝反复高烧40度三天可能是由于流行性感冒、疟疾等原因造成的情况，也可能与系统性红斑狼疮等因素有关，需要明确病因，对应治疗。
1.流行性感冒：由于机体受到细菌、病毒等病原微生物的感染，导致呼吸道上皮细胞出现病变，引起体温中枢出现异常，从而出现反复高烧40度三天的情况，可以遵医嘱使用阿莫西林胶囊等药物来治疗。
2.疟疾：主要是由于疟原虫在机体内的大量繁殖，导致其代谢产物刺激身体，从而导致反复高烧40度三天，可以使用磷酸氯喹片等药物来治疗。
3.系统性红斑狼疮：主要是由于细菌、真菌、病毒等病原微生物造成机体的免疫系统出现异常，导致比较多的致热源，因此出现反复高烧的症状，可以使用醋酸泼尼松片等药物来治疗。