三个多月宝宝睡觉嘴巴有泡泡可能属于正常生理现象，但也有可能是单纯性疱疹引起的症状，建议听从医生指导进行针对性治疗。
1.正常生理现象。三个月宝宝的唾液腺发育还没有完成熟，会引起宝宝在睡觉时嘴巴内有少量泡泡。另外宝宝的吞咽功能发育还不成熟，并不会吞咽唾沫，在呼吸空气时，会由于气体进入到气道口，导致嘴巴中吐出泡泡，通常并不用做过多处理，随着宝宝的生长发育，在生理功能逐渐发育成熟后，症状会逐渐得到改善。
2.单纯性疱疹。由于不注重口腔卫生或自身免疫力较为低下时，引起口腔内有病毒感染所致，通常表现为局部有红斑，而且在口腔粘膜处容易出现小水泡，让宝宝在睡觉时嘴巴内有泡泡，建议在医生的指导下口服奥司他韦、小儿氨酚黄那敏颗粒、利巴韦林等药物治疗。