三个月大的宝宝频繁夜醒可能是由于生理性因素、维生素D缺乏性佝偻病等现象引起的症状，需要根据宝宝的具体情况选择一般治疗或者是口服药物等方式改善。
1.生理性因素。宝宝睡眠环境过冷过热、房间灯光过亮、所盖被褥过厚等，会引起宝宝出现不适现象，从而出现频繁夜醒的现象，在及时调整睡眠环境后症状会逐渐得到改善，同时在宝宝睡觉时要保持室内环境的舒适，有助于提高睡眠质量。
2.维生素D缺乏性佝偻病。宝宝体内若缺乏维生素D会引起维生素D缺乏性佝偻病，从而导致宝宝出现肌无力、多汗、枕秃等现象，此时还会引起宝宝夜间频繁夜醒，需要及时在医生的指导下口服药物改善，常见使用药物包含阿法骨化醇软胶囊、醋酸钙颗粒等，能改善宝宝频繁夜醒的现象。