小腹两侧隐隐作痛拉肚子可能是因为功能性消化不良引起的，也不排除是肠炎等原因所导致的，患者应及时前往医院检查，在医生的指导下进行治疗。
1.功能性消化不良：通常是由于胃肠动力障碍、长期饮酒等原因引起。会导致胃肠蠕动速度减慢，大量食物在胃中堆积，无法得到彻底消化，肠道中的吸收作用降低，大便水分增多，从而出现小腹两侧隐隐作痛并且拉肚子的现象。可遵医嘱使用多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片等药物治疗，胃肠道出血者禁用。
2.肠易激综合征：肠易激综合征通常是由于胃动力异常或肠道感染等原因引起，会造成肠道菌群失调，导致胃肠功能紊乱，因此会出现腹痛、腹胀、腹泻等症状。建议患者在医生的指导下使用颠茄片、双歧杆菌三联活菌胶囊等药物进行治疗，对此类药物过敏者禁用。