三岁孩子睡觉半夜哭，考虑是由于缺乏维生素D、白天受到惊吓、消化不良等因素所导致，建议及时就医诊断，在医生指导下进行规范治疗。
1.缺乏维生素D
通常是由于挑食饮食不合理等因素所导致，而体内缺乏维生素D，可能会使孩子的神经兴奋性过度增高，从而导致睡眠质量不佳，出现半夜哭的情况。可遵医嘱使用维生素D滴剂、维生素D2软胶囊等药物进行治疗。
2.白天受到惊吓
如果白天看到或听到某些刺激性的画面或声音时，可能会导致晚上睡觉时做噩梦，从而出现半夜哭的情况。在日常生活中应尽量减少刺激性画面的出现，可在一定程度上避免半夜哭的情况发生。
3.消化不良
通常是由于饮食不当、腹部受凉等因素，导致胃肠道受刺激而引起的肠道功能紊乱，消化不良会使食物堆积在胃内引起腹胀的情况。在睡觉时由于腹胀难受，从而出现半夜哭的情况，可遵医嘱使用乳酸菌素片、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等药物进行治疗。