小孩发烧只有肚子和腋下温度高可能是由于机体代谢增快、消化不良引起的发热、着凉感冒等多种因素导致的，应及时采取药物治疗等方法先将体温降下来。
1.机体代谢增快：腋下温度高说明正处于发烧的情况，当小孩发烧时，身体的温度会变高，而腹部的血液循环基础代谢率也在增快。进而出现小孩发烧，只有肚子与腋下温度高的情况。可遵医嘱使用对乙酰氨基酚栓、布洛芬混悬液等药物来治疗。
2.消化不良引起的发热：当小孩食用过多会使食物大量聚集在胃肠而不易被消化、吸收，可能会滋生细菌，进而引起感染，并出现只有肚子、腋下温度高的情况，小孩积食发烧经常会表现为腹部隆起、腹胀等表现，可遵医嘱使用布洛芬混悬液、健胃消食片等药物来治疗。
3.着凉感冒：可能是由于受凉等因素使病毒细菌入侵机体并引发炎症，而炎症会使上呼吸道黏膜充血，此时体内免疫反应活跃，容易使代谢加速，导致热源出现，从而使体温升高，造成腋下温度偏高，正常情况下，宝宝在发热时肚子的温度比其他部位的温度更高，进而出现肚子温度高的情况，可遵医嘱服用对乙酰氨基酚口服溶液、小儿氨酚黄那敏颗粒等药物来治疗。