跑完步第二天小腿后侧筋疼，一般考虑为筋膜炎、肌肉痉挛、肌肉损伤等因素引起的，建议患者可通过物理治疗、药物治疗等方式进行治疗。平时多注意休息，避免做过多的剧烈运动。
1.肌肉损伤：可能由于患者长期没有进行运动，而突然的运动会使肌肉比较薄弱的位置出现损伤，从而引起小腿侧筋疼痛，建议患者注意保暖、休息3天至5天，疼痛症状就能明显缓解甚至消失。
2.肌肉痉挛：可能是因为患者跑步前没有做热身运动或者突然跑步，且运动速度过快，易导致小腿肌肉痉挛、疼痛。建议患者遵医生指导应用氯唑沙宗片、盐酸乙哌立松片等药物治疗。
3.筋膜炎：当患者跑步后，可能会引起肌小腿肌肉的筋膜炎，表现为局部肌肉疼痛、运动障碍等。触摸、按压时可能会引起疼痛加重。可能由于患者的运动方式不当、慢性损伤的情况导致患者跑完步后第二天小腿后侧筋疼。可在医生指导下使用吲哚美辛肠溶片、双氯芬酸钠缓释片、氟比洛芬巴布膏等药物进行治疗。