真菌感染用药后疼痛可能是药物反应或者对药物过敏等原因导致的。如果疼痛比较严重，建议使用清水清洗药物，然后前往医院在医生的指导下重新用药。
1.药物反应：治疗真菌的药物都具有杀菌消毒的作用，这些药物碰到破损的皮肤后，会与破损的皮肤内的细菌，病毒产生反应，出现疼痛的副作用。一般疼痛较轻的话可以继续使用。如果疼痛较为严重，可以前往医院在医生的指导下更换药物。
2.过敏：如果患者使用药物后疼痛，可能是患者对药物过敏并于身体的免疫系统发生反应，导致出现疼痛的症状。建议立刻停止并冲洗掉涂抹的药物，并多喝温水，促进体内新陈代谢，缓解疼痛的症状。也可以在医生的指导下使用药物等方式缓解症状。