刷牙的时候牙缝疼，可能是由于牙结石引起的或牙周炎等疾病导致的，若疼痛较为剧烈，需在医生指导下应用药物或手术进行处理。
1、牙结石：若日常饮食较喜欢吃带粘性且较软的食物，或长期不刷牙以及长期吸烟等，可导致牙结石的发生，在刷牙时部分牙结石脱落，可能出现牙缝疼的症状。治疗牙结石，需在医生操作下应用龈上洁治术或龈下刮治术等方式进行处理。
2、牙周炎：若长期不良生活习惯及饮食习惯可导致牙周炎，表现为牙龈肿痛在刷牙时牙缝疼。治疗牙周炎，应在医生指导下，应用药物治疗，如复方氯己定含漱液、盐酸米诺环素软膏等。或在医生操作下进行手术如翻瓣术、植骨术等手术方式治疗。