长跑时腹部右侧突然疼痛，可能是肠痉挛、急性阑尾炎、肾结石等原因导致的，建议及时前往医院就诊，在医生指导下通过使用药物或手术等方式进行治疗。患者恢复期间需注意多休息，适当增加饮水量，避免进行剧烈运动，以促进机体的恢复。
1、肠痉挛：若饱餐后立即长跑，则可能因肠道大幅晃动或震颤，引发肠痉挛出现疼痛的现象。肠痉挛一般通过休息后可自行缓解，若疼痛症状得不到改善，也可在医生指导下使用药物治疗，如颠茄片、消旋山莨菪碱片等。
2、急性阑尾炎：急性阑尾炎通常是由于不良卫生习惯、环境因素、感染等原因诱发，通常多表现为恶心、腹痛等，剧烈运动后疼痛加重。患者需及时就医检查，确诊后可在医生操作下进行手术治疗，如开腹阑尾炎切除术、腹腔镜下阑尾切除术等。
3、肾结石：可能因代谢异常、尿路梗阻等原因所导致。患者可出现腹痛、腹胀、腰痛等表现，长跑时会导致结石摩擦黏膜组织引发疼痛，并牵腹部出现疼痛的情况。患者可遵医嘱应用双氯芬酸钠缓释片、布洛芬缓释胶囊等药物进行改善，也可通过体外冲击波碎石术等方式进行治疗。
除以上常见的原因外，还有其他的可能性，比如肠炎等，建议患者及时就医。