一般情况下，睡醒肚脐眼上面疼可能是肠痉挛、肠炎、胃炎等因素引起的，可通过药物治疗和改变饮食结构等方式进行处理。睡醒肚脐眼上面疼的原因以及治疗方式还可见其他，建议患者前往医院，并在医生的指导下根据具体情况进行相应处理。
1、肠痉挛：肠痉挛可能是由于患者摄入了大量不干净的食物刺激肠道引起的，通常会出现腹部绞痛、呕吐等症状。可根据医嘱应用消旋山莨菪碱片或颠茄片等药物进行治疗。建议在日常的生活中少吃生冷刺激性食物，如生鱼片、雪糕等，吃饭时应注意细嚼慢咽。
2、肠炎：多因细菌、病毒、真菌等感染所致，症状多表现为腹痛、腹泻、恶心、呕吐等，亦可出现睡醒肚脐眼上面疼的状况。通常可遵医嘱应用对乙酰氨基酚片、蒙脱石散等药物镇痛止泻，双歧杆菌活菌活菌胶囊等调节肠道功能。
3、胃炎：胃炎可能是由于胃酸增多或胃内壁保护性粘液减少等原因导致的，通常会出现肚脐眼疼痛、腹胀、恶心等症状。可根据医嘱应用奥美拉唑肠溶片或兰索拉唑肠溶片等药物治疗。