一般情况下，睡醒之后腋下疼可能是毛囊炎或者腋下淋巴结发炎等原因引起，建议通过应用药物、改善生活习惯等方式治疗。
1.毛囊炎：熬夜、不洗澡或者穿着透气性差衣物等原因可能引起毛囊炎，可能伴随皮疹、瘙痒及疼痛等表现，睡醒之后腋下疼可能是毛囊炎引起，建议遵医嘱应用莫匹罗星软膏、阿莫西林胶囊等药物治疗。日常，注意个人卫生，勤洗澡勤换衣物，选择舒适透气的衣物，同时规律作息。
2.腋下淋巴结发炎：上肢及肩颈部皮肤感染等原因可能引起腋下淋巴结发炎，常伴随包块、疼痛等表现，所以睡醒之后腋下疼考虑是腋下淋巴结发炎引起，建议遵医嘱应用头孢克肟分散片、阿奇霉素分散片等抗生素药物治疗。