对于不同场景、不同人群藿香正气水和液的功效是不同的，不能对哪种功效好一概而论。藿香正气液比藿香正气水的药效要更加温和，适用人群更加广泛。藿香正气水药性更为峻猛，口感、刺激感强，而藿香正气液不含酒精、不含防腐剂，口感较好，口服量少，药效更为柔和。
酒精过敏的人群优先选用藿香正气液。藿香正气液蚊虫叮咬可以用，紫外线过敏也可以用。湿疹、汗疹可以用原液外涂。外阴瘙痒，性器官可以稀释后冲洗。对于脚气可以外涂。藿香正气液治疗细菌性痢疾，肠胃炎，食欲不振，恶心、眩晕、耳鸣、糖尿病有一定的效果。藿香正气液也更适合老人、儿童以及开车的人服用。但一些比较危急的情况下，如中暑等，此时可以选择藿香正气水，以缓解患者的头晕、恶心等症状。