一般情况下，早上起床舌根很苦可能是由于龋齿、胆囊炎等原因引起的，可以通过口服药物方式进行治疗。
1.龋齿
如果患者在夜间睡觉前未刷牙，会导致食物残渣堆积在龋洞里面，经过一夜发酵后，早上起床舌根会很苦。患者应当注意保持口腔清洁卫生，睡前一定要刷牙，保持口腔清洁。也可以在医生的指导下使用氯己定含漱液、氟化亚锡溶液等药物进行缓解。
2.胆囊炎
如果患者有胆汁反流性胃炎或慢性胆囊炎等疾病时，夜间睡觉仰卧姿势，容易导致胆汁反流至胃，然后通过食道进入口腔中，而引起早上起来舌根发苦的情况。可在医师指导下服用消炎利胆片、奥美拉挫肠溶胶囊、盐酸左氧氟沙星片等药物治疗。在日常生活中要不断加强体育锻炼，增强体质，避免吃油腻煎炸辛辣生冷食物，饮食以八分饱为宜。