发烧眨眼睛疼可能是一种正常现象，也可能是由于结膜炎等引起的，建议患者在出现症状后及时就医，并在专业医生的指导下通过改善日常生活习惯、应用药物等方式进行治疗。
1.正常现象
发烧的时候眼睛疼痛是一种正常现象。因为感冒发烧是一种全身表现，会在发烧过程当中释放炎症物质，由此产生炎症反应，表现为疼痛、发热等症状。眼球周围有比较多的肌肉神经，所以可能会出现眼睛疼的现象。在这种情况下，患者无需过度担忧，在退烧之后，症状就可得到缓解。患者需要在这期间多吃新鲜水果蔬菜，补充身体需要的营养物质。
2.结膜炎
在发烧期间，患者的机体抵抗力下降容易引发结膜炎。在这种情况下，建议患者及时就医，并在专业医生的指导下通过使用左氧氟沙星滴眼液，妥布霉素滴眼液等药物进行治疗，缓解症状。