通常EV71疫苗在一定程度上可以预防咽峡炎，但不能预防所有咽峡炎的病变。一般EV71病毒可引起多种疾病，包括手足口病、疱疹性咽峡炎、上呼吸道感染、肠胃炎和肺炎等，所以接种EV71疫苗可以有效做到一定程度的预防。
EV71疫苗主要是用来预防手足口病的。手足口病是儿童时期非常容易感染的一个传染性疾病，它一般是由二十多种柯萨奇病毒和肠道病毒引发的手、足、口多处表现疱疹及发热的疾病。多数孩子的症状并不是很重，但也有一些特殊感染，像EV71感染，可能快速发展引发一些合并脑炎或者休克的情况，所以尽管接种EV71疫苗无法预防所有的手足口病和疱疹性咽峡炎，但依然推荐6月龄以上儿童尽早完成两剂EV71疫苗的接种。